Der Innovationspreis Berlin Brandenburg wird seit 1992 gemeinsam von der Berliner Senatsverwaltung für Wirtschaft, Technologie und Forschung und dem Brandenburger Ministerium für Wirtschaft und Europaangelegenheiten verliehen. Insgesamt (seit 1984) wurden mehr als 3.500 Bewerbungen eingereicht und 128 Preisträger ausgezeichnet. Jährlich werden bis zu fünf Preisträger geehrt. Die Nominierungen der Finalisten und Preisträger werden traditionell von einer 15köpfigen unabhängigen Expertenjury vorgenommen, die in der Regel für drei Jahre berufen wird. Die Preise sind mit jeweils 10.000 Euro dotiert.

Der Innovationspreis Berlin Brandenburg ist der älteste seiner Art in der Region. Er wurde 1984 von der Berliner Senatsverwaltung für Wirtschaft und Betriebe ins Leben gerufen. War es zunächst Ziel, die regionale Wirtschaftsentwicklung Berlins nachhaltig zu stimulieren und den Innovationsgrad zu erhöhen, wurde der Innovationspreis mit der Deutschen Einheit zu einem Instrument einer vernetzten Entwicklung der Hauptstadtregion. Seit 1992 vergeben die (heutige) Senatsverwaltung für Wirtschaft, Technologie und Forschung Berlin und das Brandenburger Ministerium für Wirtschaft und Europaangelegenheiten den Innovationspreis gemeinsam.

Spiegelte der gemeinsame Innovationspreis der Hauptstadtregion Anfang der 90ger die wirtschaftliche Entwicklung und Vernetzung zwischen Berlin und dem Brandenburger Umland, so wird er vor allem mit der Etablierung der gemeinsamen Innovationsstrategie von Berlin und Brandenburg -innoBB- zu einem korrespondierenden und impulsstarken Element der gemeinsamen Standort- und Wirtschaftspolitik.